Cuando todo el mundo esperaba ver un gran dominio de la escudería Ferrari en Malasia, los McLaren Mercedes dejaron bien claro que esta temporada harán todo lo posible para ganar el mundial. Fernando Alonso y Lewis Hamiton salieron a por todas nada más ver la luz verde del semáforo y el entrar en la primera curva del trazado de Sepang ya ocupaban las dos primeras posiciones de carrera.

Poco a poco, el actual campeón del mundo fue abriendo un buen margen sobre su compañero de equipo y en la cuarta vuelta ya era cuatro segundos más rápido que Hamilton, quien tuvo que aguantar los ataques del brasileño Felipe Massa. Sin embargo, el piloto de Ferrari, en uno de sus intentos para recuperar la segunda posición, cometió un error de novato que le hizo perder dos posiciones y quedar por detrás del BMW de Nick Heidfeld.

La carrera recuperó cierta tranquilidad y Alonso continuó extendiendo su ventaja sobre Hamilton y Kimi Raikkonen, mientras Massa comenzaba a pensa en la forma en que podría adelatar al alemán Nick Heidfeld.

Massa fue uno de los primeros pilotos en entrar a boxes en la vuelta 17, mientras que en el muro del equipo McLaren cierta preocupación comenzó a surgir al notar que la radio de comunicación con Fernando Alonso no estaba funcionando. Aún así, el español entró a repostar en la vuelta 18 seguido de su rival Kimi Raikkonen. Lewis Hamilton tomó las riendas de la carrera hasta dos giros más tarde.

En la vuelta 23, Alonso lideraba a Hamilton con una ventaja de 11 segundos. Raikkonen era tercero por delante de Heidfeld, Massa y Nico Rosberg. El orden se mantuvo igual hasta la segunda ronda de paradas en boxes, aunque no se produjeron grandes sorpresas.

Alonso continuó liderando el GP de Malasia, mientras su compañero Lewis Hamilton parecía estar teniendo algunos problemas para controlar los compuestos más duros de Bridgestone. El piloto británico hizo todo lo posible para completar las 12 últimas vueltas sin altercados y mantenrse en segunda posición.

La mala suerte se cebó con el alemán Nico Rosberg que vio como su Williams-Toyota comenzaba a echar humo por la parte trasera y le obligaba a abandonar la prueba cuando ocupaba la séptima posición.

Las últimas ocho vueltas del Gran Premio de Malasia vieron a un Raikkonen muy decidido ir a por la segunda posición de Lewis Hamilton y en la vuelta 52 el piloto de Ferrari ya se encontraba a dos segundos del británico. En el último giro de la tarde, Raikkonen se puso a menos de un segundo de Hamilton pero éste no perdió la concentración y se mantuvo sin problemas en su lugar.

Fernando Alonso cruzó la línea de meta en primera posición con una buena ventaja sobre su compañero de equipo Lewis Hamilton, que acabó segundo en su segundo gran premio de Fórmula Uno. Kimi Raikkonen fue tercero por delante de Nick Heidfeld, Felipe Massa, Giancarlo Fisichella y Jarno Trulli. El joven Heikki Kovalainen consiguió el último punto del GP de Malasia para la escudería Renault.